二代转录组去除批次效应

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转录组

怎么去除不同转录组测序的批次效应？可以提供下所使用的软件和参考的代码吗？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-02 18:46

为了去除不同转录组测序的批次效应，可以使用一些常用的批次效应校正方法，例如 ComBat、limma 等。这些方法通常会使用线性混合模型来建模批次效应，并将批次效应作为协变量来校正数据。以下是一个使用 ComBat 进行批次效应校正的例子（假设数据已经被读入 R 环境中）： ```R # 导入 ComBat 软件包 library(sva) # 构建批次效应调整模型 batch <- factor(metadata$batch) # 假设 batch 列为数据的批次信息 mod <- model.matrix(~batch) # 进行批次效应校正 data_combat <- ComBat(dat = data, batch = batch, mod = mod)$data ``` 上述代码中，我们首先导入了 sva 软件包，并使用 `model.matrix` 函数构建了一个包含批次信息的模型矩阵。接着，我们调用 `ComBat` 函数来进行批次效应校正，并将校正后的数据保存在 `data_combat` 中。需要注意的是，不同批次之间可能存在一些技术变异或者生物学变异，这些变异可能会掩盖真实的生物学差异，因此在进行批次效应校正之前，需要先进行一些数据预处理，例如去除低表达基因、进行基因表达量归一化等。此外，在进行批次效应校正时，需要注意选择合适的批次效应调整方法，并根据具体数据情况对参数进行调整。

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song 注册会员用户来自于: 北京市
2023-06-03 17:28

Combat就是专门来去除二代转录组批次效应的，似乎DEseq2内部也自带有去除批次效应的函数

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-05 13:48

一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。

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: TTT001 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-02 18:40

更新时间: 2023-06-05 13:48

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