首页
问答
文章
专栏
大咖
更多
话题
帮助
请输入关键字进行搜索
查看更多 "
" 的搜索结果
登录
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
关注问题
回答问题
该问题已被锁定!
3
关注
929
浏览
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
R
芯片数据分析
Affy芯片
质量控制
RNASeq数据处理
[attach]37[/attach] 如图所示,这个图该如何解读?
阅读全文
收起全文
关注问题
回答问题
邀请回答
好问题
0
评论
收藏
举报
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
展开
收起
0
评论
为什么被折叠?
0 个回复被折叠
1
回答
热门排序
最新排序
热门排序
只看楼主
孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-24 23:09
MAplot是一个非常好的质控图,无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。 假设有ctrl和treat两组数据,gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K], MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值, M[K] = 0.5 * log2(ctrl[K] * treat[K]); 这个几何平均数的log2值就可以衡量这个gene的大概表达量,是高表达gene还是低表达gene. MAplot的Y轴就是每个gene的log2 FoldChange, A[K] = log2(treat[K] / ctrl[K]), 这个量表达的是变化关系,0表示没变化,大于0表示treat中升高,小于0表示降低。 那么MAplot的意义是什么呢?这个主要和我们的基本假设有关系,我们一般在做芯片或者是RNA-Seq分析的时候,都默认绝大多数的gene不发生变化,高表达的gene不发生变化。因此,在MAplot中,我们应该看到: 1. 绝大多数的点,Y轴都在0附近; 2. X轴很靠右的点,几乎不怎么发生变化; 3. 发生显著性变化的点,比较均匀地分布在X,Y轴的两侧。 如何不满足上面的特点,就说明要对数据进行校正,使其满足我们的基本假设,才能够进行下一步的统计检验。
阅读全文
收起全文
赞同
4
0
评论
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
0
评论
关于作者
fcdslz
超级管理员
这家伙很懒,还没有设置简介
13
回答
1
文章
12
问题
问题动态
发布时间
2018-08-24 15:31
更新时间
2018-08-24 23:09
关注人数
3 人关注
相关问题
生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究
1194 浏览
3 关注
2 回答
0 评论
关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题
688 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
perl的如何进行读取和循环的
811 浏览
3 关注
2 回答
0 评论
三代测序使用进行gmap比对
833 浏览
1 关注
1 回答
0 评论
enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略
507 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类?
1319 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
如何对新建网站进行暴力测试?
2319 浏览
8 关注
11 回答
0 评论
如何按一个列表对基因型文件进行过滤,剔除不需要的样本?
841 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响?
875 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
macs2进行peak calling
791 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
推荐内容
问
GEOquery下载GEO数据软件报错
1096 浏览
4 关注
3 回答
0 评论
问
转录组数据样本聚类结果不理想
696 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
R进行GO时出现No gene can be mapped....
943 浏览
3 关注
3 回答
0 评论
问
sRNA_seq分析
525 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
ATAC-seq与RNA-seq的联合分析
97 浏览
1 关注
0 回答
0 评论
问
用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图
852 浏览
4 关注
3 回答
0 评论
问
当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时,可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因?
900 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
808 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
RNA-seq logFC与pvalue
487 浏览
1 关注
1 回答
0 评论
All Rights Reserved Powered BY
WeCenter V4.1.0
© 2024
关于我们
社区规范
你的浏览器版本过低,可能导致网站部分内容不能正常使用!
为了能正常使用网站功能,请使用以下浏览器
Chrome
Firefox
Safari
IE 10+