如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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【提问】大家在精读一篇文献的时候有好句，好思路或者可用的新方法怎么进行知识整理呢？

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如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

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RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

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麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

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差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析

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SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答

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最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好

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rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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