rMATS是如何得到外显子的两种isform的？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

835: 浏览

rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

可变剪切

rMATS比较差异是通过比较exon inclusion level 而exon inclusion level是通过exon skipping 和inclusion 两种isform计算的，那么这两种isform是怎么得到的呢？一条reads一条reads的去数嘛？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-08 10:22

rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach] 在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2018-09-07 12:01

更新时间: 2018-09-08 10:22

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 2445 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何批量下载SRA数据库中的数据？: 1113 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版: 799 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何计算碱基偏好性？: 745 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

bivalent domains 如何计算: 1124 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 861 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有台Dell工作站，如何配置成服务器: 843 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离: 653 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在Ubuntu 14.04 server版上安装Rstudio，并在网页上实现绘图功能？: 1156 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 521 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？: 975 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024