3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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蛋白表达矩阵

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RNA-seq差异分析

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基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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ciriRNA表达量如何计算？

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宏基因组注释率超低

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如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

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基因表达

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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