噬菌体比较基因组分析流程

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DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

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如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算

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如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

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如何计算碱基偏好性？

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使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

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如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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