基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

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为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

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怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

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问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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EVM整合基因组注释

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可否用sanger测序测某一基因的上下游序列

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H3K27me3这种宽peak怎么找差异？

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宏基因组进行binning分析

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二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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