样本批次问题

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对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

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bulk-RNAseq数据集整合

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请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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GEOquery下载GEO数据软件报错

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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rna-seq数据校正

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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