背景

在基因组fasta文件中N的分布信息

示例

test.fasta：

>chr1
ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt
taaattgtttctgtttgcagttgacatgatctNNNNNatagaaaacacca
ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc
>chr2
NNNNNNNNNNNNNNNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt
taaattgtttctgtttgcagttgacatgatcttatatatagaaaacacca
ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc

运行代码

chr_findn.exe/chr_findn 程序

test.fasta 输入的fasta

test.bed 输出的bed文件

win：

./chr_findn.exe test.fasta test.bed

linux：

./chr_findn test.fasta test.bed

chr1	3	140
chr1	183	187
chr2	1	15
chr2	18	140

程序获取：fasta_find_n