FASTQC

  

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文章 snakepipes_fastqc-multiqc is a standard quality control snakemake pipeline for NGS/HTS data
snakepipes_fastqc-multiqc is a standard quality control snakemake pipeline for NGS/HTS data
snakepipes_fastqc-multiqc 仓库地址 欢迎提Issue   about author author: 赵华男 | ZHAO Hua-nan email: hermanzhaozzzz@gma...
FASTQC 测序数据质量控制 multiqc snakepipes 华男菌
皆坐皆坐 回复了问题 2018-08-29 09:16
fastp FASTQC
问答 使用fastp软件对fastq文件质控的问题
皆坐: 代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:00
FASTQC 软件使用
问答 使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC
孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。   这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。   仅此而已。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 17:21
问题求解 FASTQC
问答 使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错
孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。   如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...
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