GEOquery下载GEO数据软件报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2655: 浏览

GEOquery下载GEO数据软件报错

小弟我R刚入门，正在学习使用R软件GEOquery包下载数据，使用getGEO后弹出以下错误提示： Error in get0(oNam, envir = ns) : cannot open file 'C:/Users/Kumawife/Documents/R/win-library/3.5/stringi/R/stringi.rdb': No such file or directory In addition: Warning message: In get0(oNam, envir = ns) : restarting interrupted promise evaluation 虽然报错，但是仍然在目的地文件夹里面找到了一个压缩文件：GSE36552_series_matrix.txt.gz 求各位帮忙看看怎么解决~~ 谢谢大家！

好问题 0 评论收藏举报

3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:53

windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]

赞同 1 2评论

fcdslz 超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:36

你竟然能下载到文件。。。我这边直接报了一个SSL链接错误，我排了1周了都解决不了。。。

赞同 0 1评论

minipeach 前台管理员用户来自于: 重庆市北碚区
2018-08-23 21:58

我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。

赞同 0 1评论

关于作者

: Madmax 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 18:57

更新时间: 2018-08-23 21:58

关注人数: 4 人关注

相关问题

GEO数据芯片数据基因名转换: 1505 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 1774 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 1938 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

axel，wget下载数据出错的问题，没头绪: 1942 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bulk-RNAseq数据集整合: 2300 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2001 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?: 1974 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

怎么从ncbi上下载gbff格式的文件: 2190 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GEO数据读入: 1416 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 2575 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 sc-ATAC数据质控: 2080 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 3070 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 R进行GO时出现No gene can be mapped....: 2084 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 2343 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 ggtree可视化NJ树: 1736 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1070 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问备份: 1488 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1448 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bioconductor的问题: 2126 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 2565 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025