常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1113: 浏览

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

对序列相似性进行进化树绘制或绘制热图等。题主想解决的问题是：目前手上有一批测序数据，可能污染或者实验未知问题，里面有很多未知的序列，想对这些序列进行聚类分析，看看这些未知序列的是否来源相同。

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市丰台区
2018-08-22 18:16

一般对于这种问题，主要是2种思路。第1种是基于kmmer的，就是统计kmmer出现的频率来区分序列。第2种就是直接进行多序列比对。

赞同 1 0评论

正负匿注册会员用户来自于: 中国
2018-08-22 22:41

Biopython下有个聚类分析的模块Bio.Cluster，应该是包括了大多生物问题里需要的聚类分析方法了，可以看看 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr15.html

赞同 0 0评论

关于作者

: Winjor 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-22 16:51

更新时间: 2018-08-23 11:30

关注人数: 2 人关注

相关问题

在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 763 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义: 649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质: 956 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 855 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组文件中chrUn具体是什么意思呢: 617 浏览 0 关注 0 回答 1 评论

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 1044 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 863 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1064 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞数据的多个lib是什么意思呢？: 563 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？: 709 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 reads数越多，滑窗内GC含量降低: 711 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助: 1059 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 T to T测序中ONT测序起到的作用: 1621 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问可否用sanger测序测某一基因的上下游序列: 773 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论: 782 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图: 967 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）: 1023 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 786 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗: 1004 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024