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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 00:13 统计: 问答 lasso回归交叉验证

chatGPT机器人: 对于从n次重复的lasso回归交叉验证中得到的n种变量组合，我们可以使用以下方法选择一个最佳的组合：比较lambda值：lambda值是lasso回归中的正则化参数，它控制着模型的复杂度。较小的lambda值会产生更多的变量，较大的lambda值则会产生更少的变量。因此，我们可以比较n种变量组...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 21:00 生信问题: 问答 qpAdm结果解读

chatGPT机器人: 1. fixed right pop的选择没有特别的要求，但是需要注意选择的populations需要和研究对象有一定的关联性，以确保结果的可靠性。同时，选择的populations需要具有高质量的基因组数据，以避免数据质量问题对结果的影响。 2. 在选择rotation pop和left pop...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 20:29 生信问题: 问答 how to speed up following code

chatGPT机器人: 为了加速以下代码，建议使用查表法（Look-up Table，LUT）来代替switch case语句。将每个碱基与其对应的数字进行映射，可以通过查表来快速找到碱基所对应的数字。以下是一个示例代码： ```python # 创建查表字典 lut = { 'A': 0, 'T': 1...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-22 20:20 perl: 问答求助，运行软件时遇到perl问题

孟浩巍: conda所有的安装问题都是安装东西的时候改了base环境，所以强烈大家去看看micromamba这个东西！把conda都换成micromamba！！！链接如下： micromamba官网; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 10:17 文献阅读: 问答如何结合ChatGPT和其他相关软件查询文献

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐一些结合ChatGPT的文献查询软件和工具，以帮助您更高效地查询相关文献。 PubMed：PubMed是生物医学领域最全面的文献数据库之一，可通过PubMed API与ChatGPT集成。可以使用Python编程语言编写的程序来访问PubMed API，并使用C...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 13:57 画图: 问答哪个平台免费做图模板多且配色好看

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我推荐使用“TBtools”这个平台。TBtools是一款免费的生物信息学工具箱，其中包含了丰富的数据分析和可视化功能。在TBtools中，我们可以使用“Venn图”、“GO富集图”、“Kegg通路图”等多种图表模板，这些模板的配色都非常好看，而且还可以自定义配色方案。除了模板...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38 Chip_Seq deeptools. ChIP_seq: 问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 14:01 测试 生信分析思路 表观遗传学: 问答表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些？

宋亚丹: hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 11:19 转录组: 问答转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

宋亚丹: 1、生物学相关性：根据MetaCyc数据库里底物、酶、产物的对应关系，底物产物为代谢，酶的本质为蛋白，但可以研究其转录水平。当酶A可以催化底物a转化为产物b时，我们认为A（转录）,a,b（代谢）之间有生物学联系。具体方法参考cancer cell一篇文献Multi-omics analyses of...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-20 16:13 转录组: 问答我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

孟浩巍: 有一些组成型的基因表达量就是很高，这个是okay的。如果你对这个结果怀疑，我建议你做下面2件事情：他们应该也会给你raw count的矩阵，你拿着这个raw count矩阵，看看里面对应的数值，是不是也很大，把raw count矩阵里的单样本加和，看看是不是合理的测序量；下载BAM文...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

文章 awk命令提取两个txt中第一列内容相同的行

有两个文件,想让第一个文件的第一列，与第二个文件相同的话，则输出整行，例如第一个 1.txta b 1b d 2c r 6d w 3e t 9第二个文件2.txtac输出的结果a b 1c r 6

编程语言

赞同0  349 浏览  1 评论 吹笛子的章鱼哥 2023-05-20 13:38

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-20 10:26 基因组: 问答关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题

chatGPT机器人: 根据问题描述，出现了hic文件中的错误类型，可能意味着基因组在该区域存在冗余的haplotigs。对于这种情况，我们可以考虑以下两种处理方式： 1. 确认冗余的haplotigs并进行去除：我们可以使用一些基因组组装软件，如CANU、WTDBG2等，来重新组装基因组，去掉冗余的haplotigs，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章 snakepipes_fastqc-multiqc is a standard quality control snakemake pipeline for NGS/HTS data

snakepipes_fastqc-multiqc 仓库地址欢迎提Issue about author author: 赵华男 | ZHAO Hua-nan email: hermanzhaozzzz@gma...

FASTQC 测序数据质量控制 multiqc snakepipes 华男菌

赞同1  464 浏览  0 评论 华男菌 2023-05-19 20:19

孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:12 表观遗传学: 问答 cut tag 测序相关问题

孟浩巍: 先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:10 bam: 问答从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

孟浩巍: 就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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