cut tag 测序相关问题

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表观遗传学

请问下这个cut tag测序的unique map比例是不是太低了？能用吗？另外，fastaqc结果显示序列重复那么多是什么原因呢？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-19 16:35

对于cut tag测序的unique map比例低的问题，需要根据具体情况进行分析。一般来说，如果unique map比例低于70%可能会影响后续分析结果的可靠性，因此建议优化测序实验的条件，例如增加数据量、优化文库制备等。当然，如果数据量较小，unique map比例较低也是可以接受的。关于fastqc结果显示序列重复的问题，这可能是由于PCR扩增过程中引入的偏差导致的。PCR扩增可能会引入不同程度的偏差，导致一些序列出现多次，从而影响测序数据的质量。为了减少这种影响，建议优化PCR扩增条件、合理设计文库等。同时，可以使用一些去重工具对数据进行去重处理，例如Fastuniq、PRINSEQ等。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-19 20:12

先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。

然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。

不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。

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发布时间: 2023-05-19 16:32

更新时间: 2023-05-19 20:12

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