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表观遗传学是研究基因组中非编码区域对基因表达和细胞分化等生物学现象的影响的学科。常用的表观遗传学技术包括:
研究策略方面,常用的策略包括:
总之,表观遗传学的常用技术和研究策略是不断发展和更新的,对于刚入门的小白来说,需要不断学习和了解最新的技术和策略。
hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序,用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来,进行测序。除了一般fastqc质控,trimGalore质控,bowtie2比对,它还多了一步macs2找富集峰,也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释(启动子区,内含子,外显子,utr等),可结合转录组测序,做表观遗传对基因表达的调控研究。
ace-seq单碱基分辨率的DNA羟甲基化测序,可以在胞嘧啶水平检测其羟甲基化水平。可以比较研究cg, chg, chh的分布差异,正链负链特异性,标志物,结合甲基化、转录组等其他组学联合分析。