how to speed up following code - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1810: 浏览

how to speed up following code

生信问题

how to speed up following code

switch(base){
        case 'A':
            return 0;
        case 'T':
            return 1;
        case 'C':
            return 2;
        case 'G':
            return 3;
        default:
            return -1;
    }

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-22 20:29

为了加速以下代码，建议使用查表法（Look-up Table，LUT）来代替switch case语句。将每个碱基与其对应的数字进行映射，可以通过查表来快速找到碱基所对应的数字。以下是一个示例代码： ```python # 创建查表字典 lut = { 'A': 0, 'T': 1, 'C': 2, 'G': 3 } # 定义函数，使用查表法来代替switch case语句 def base_to_num(base): return lut.get(base, -1) ``` 使用查表法可以大幅提高代码的速度，因为它可以避免在程序运行时进行判断和分支操作。同时，使用查表法还可以让代码更清晰易懂，易于维护。

赞同 0 0评论

关于作者

: Kim 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 20:02

更新时间: 2023-05-22 20:29

关注人数: 2 人关注

相关问题

ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 2935 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Jupyter Notebook 下R语言kernel 启动失败: 1928 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 3031 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 2718 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff: 1297 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？: 1611 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 2163 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

samtools 有错误: 2053 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

WGCNA中的TOM热图绘制: 2517 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GATK和Samtools联合寻找变异: 2696 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 de novo mutation检测和判断: 1650 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3038 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问启动子染色质开放性: 2631 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 grep 能不能指定匹配第多少列？: 2088 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2173 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录本坐标转换成基因组坐标: 3083 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 Ancestry_hmm: 1115 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3273 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bcl2fastq2安装问题: 2552 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025