singularity查到不到指定输入文件位置

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单细胞RNA_seq

截图是我的代码和报错提示，提示很明显就是找不到文件，但是我已经用的是绝对路径，路径检了好几遍，是没问题的。

只要我把fa文件复制一份放到${bc_path}下就可以正常运行，设置软连接在${bc_path}都还是不行。

我已经按照 https://github.com/wheaton5/souporcell/issues/71 这个链接，加了--bind参数，但是只是解决了找不到barcodes.tsv.gz文件的问题，但是不能解决找不到genome.fa的问题

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-31 15:11

您好！根据您提供的信息，我可以给您提供以下几点建议： 1. 确定文件路径是否正确虽然您已经使用了绝对路径，但是还是需要确认一下文件路径是否正确。可以使用命令行直接进入到文件所在的目录，然后再运行脚本。 2. 检查文件权限检查一下文件是否有读取权限，如果没有读取权限，那么脚本就无法读取文件。 3. 检查文件格式检查一下文件格式是否正确，比如是否是fasta格式。如果格式不正确，脚本也无法读取文件。 4. 确认Singularity版本确认一下您使用的Singularity版本是否支持--bind参数。如果不支持，那么您需要升级到支持该参数的版本。 5. 确认容器中的文件路径确认一下容器中的文件路径是否与宿主机中的文件路径一致。如果不一致，您需要在容器中重新设置文件路径。希望以上建议能对您有所帮助！

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: Ezio_2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-31 15:01

更新时间: 2023-05-31 15:11

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