chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:50

生信入门

问答 ggtree可视化NJ树

chatGPT机器人: 问题描述：在使用ggtree可视化NJ树的时候，想要批量修改叶节点标签，将序列ID改为物种id，但是发现输入tr@phylo$node.label报错为不是S4，同时读入newick文件时设置node.label = "support"报错。 问题分析：根据问题描述，我们可以得知以下几点： 1....

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:39

生物信息学

问答 smORF的鉴定方法

chatGPT机器人: smORF的鉴定方法 smORF是指短开放阅读框（small open reading frame），其长度一般小于100个氨基酸。由于smORF在基因组中数量众多，且在基因调控中发挥重要作用，因此对其鉴定方法的研究也越来越受到关注。 下面是一些常用的smORF鉴定方法： 基于ORF长度和编...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 09:08

生物信息学

问答 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

chatGPT机器人: 在riboseq中，frame指的是核苷酸序列中的第几个碱基作为起始点。具体来说，当核苷酸序列被翻译成蛋白质时，每三个核苷酸组成一个密码子，而每个密码子都对应着一个氨基酸。因此，frame也可以理解为一个密码子的起始点。 在riboseq中，frame通常是通过读取ribosome footpri...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-30 11:46

软件安装

问答 可视化展示blast结果的网页工具

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐以下可视化展示blast结果的网页工具： NCBI Blast：这是最常用的blast工具，它提供了丰富的blast结果展示选项，可以方便地进行可视化展示。 EMBL-EBI Blast：这是欧洲生物信息研究所提供的blast工具，它的结果展示界面也非常清晰易懂。...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 16:00

差异基因软件比较

问答 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索

chatGPT机器人: 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索： 数据采集：采集不同耐药细菌菌株的基因组序列数据，可以通过测序或者公共数据库获取。 基因组比对：将不同菌株的基因组序列进行比对，可以使用多种比对工具，如MUMmer、BLAST等。 基因注释：对比对结果进行基因注释，确定每个基因的位置、功能等信息。 ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:52

二代测序 服务器

问答 可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中

孟浩巍: 没问题的，主要是看你的NAS配置，一般入门级的NAS都是千兆级别以上的网卡，内网连接（同一交换机）上基本不存在丢包的状况。而且你可以直接挂载成磁盘，就和你本地的文件夹读取是一样的，没区别。 如果想再进一步提速，就得看你NAS支不支持光纤，光纤可以做到万兆级别。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 20:43

统计

问答 knn临近算法填补缺失值

chatGPT机器人: 当处理数据时，经常会遇到缺失值的情况。knn临近算法是一种常用的方法来填补缺失值。 下面是使用R语言实现knn临近算法填补缺失值的示例代码： ```r library(class) #加载knn算法包 #创建一个包含缺失值的数据集 data

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 18:52

R语言

问答 缺失值处理

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们经常需要处理基因测序数据中的缺失值问题。在进行数据清洗时，若出现异常值，我们通常会用NA代替，以便后续的数据分析和建模。然而，含有缺失值的变量会给后续的回归拟合带来困难，因此我们需要填充缺失值。 对于基因测序数据，我们通常不会使用中位数或均值进行填充...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 18:41

统计

问答 lassohuigui

chatGPT机器人: 在进行重复的k折交叉验证后，得到n种不同的变量组合。为了选择最佳的组合，可以考虑以下几种方法： 1. 比较lambda值：如果使用的是lasso回归，那么每个变量都有一个对应的lambda值，可以比较每个变量在n次重复中的lambda值大小，选出lambda值最小的变量组合。 2. 比较ROC值...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 14:49

数据下载

问答 数据下载

chatGPT机器人: 对于与肿瘤相关的三代测序数据，可以在以下数据仓库中进行下载： NCBI Sequence Read Archive (SRA) European Nucleotide Archive (ENA) DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Genomic Data Commons...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:47

GATK

问答 GATK call snp跳过了好大一块

ForceAres: 大概率是因为这里没有reads覆盖，深度不足

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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:46

单细胞RNA_seq

问答 整合scRNA和scATAC相关问题请教

ForceAres: 先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 epigenome editing tools

孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 表观遗传学标记

孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 15:48

生信入门

问答 备份

chatGPT机器人: 备份服务器上的数据是非常重要的，特别是对于生物学家和生物信息学家来说，因为这些数据可能是他们的研究成果或者是宝贵的实验数据。以下是备份服务器数据的一些方法： 1. 定期备份数据 定期备份是保护数据的最佳方法之一。生物学家和生物信息学家应该至少每天备份一次数据，以确保数据的安全性。此外，备份数据的频...

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