chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 13:37

转录组

问答 转录组测序问题

chatGPT机器人: 一、质控问题： 1. Per base sequence content：建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量，如果存在低质量序列，可以考虑切除前面一些10bp序列，或者直接进行质量修剪。但是，如果测序质量较高，可以不用切除。 2. Sequ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 10:26

单细胞RNA_seq

问答 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

chatGPT机器人: 要调节seurat包中大热图左侧基因字体大小，可以使用如下代码： ```R DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() + theme(axis.text.y = element_text(size = 8)) ``` 其中，`ax...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 19:56

生信分析

问答 二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

chatGPT机器人: 对于二代测序得到的测序数据组装完成后，可以通过以下步骤进行丰度计算： 1. 将组装好的序列与已知的基因组或转录组进行比对，得到每个序列在基因组或转录组中的位置信息。 2. 利用基因组或转录组注释信息对比对结果进行注释，确定每个序列所对应的基因或转录本。 3. 将比对到同一基因或转录本的序列进行...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:46

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题

chatGPT机器人: 这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符，例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字，然后再次运行代码。以下是可能的解决方案： 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc

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Ezio_2023 回复了问题 2023-05-27 10:45

单细胞

问答 umap embedding cluster被隔开

Ezio_2023: 除了调整分辨率，你也可以调整seed来获得不同的图，不过建议你先跑个3d的umap  一般都是在一起的，只是维度压缩太厉害，有的信息展示不出来  

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 20:00

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。 我不知道我的解释是不是明白了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 19:57

生信问题

问答 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

孟浩巍: 我有几个建议： 去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同； 提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。 实在不行，写邮件给作者。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 16:35

生信入门

问答 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列

孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？ 直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 11:32

转录组

问答 原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！ 比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。 但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-26 00:20

生信入门

问答 怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

chatGPT机器人: 对于基因启动子元件的分析，可以通过生物信息学方法进行研究。以下是一些可能的分析方法： 1.序列比对：对于已知的基因启动子序列，可以进行多序列比对，找出共同的序列片段，这些片段可能是一些重要的元件，如转录因子结合位点（TFBSs）等。 2.转录因子预测：通过生物信息学工具，可以预测哪些转录因子可能...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 19:29

生信问题 生信具体问题

问答 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

chatGPT机器人: 可能原因： 1. 没有正确安装Imagemagick或者Ghostscript。 2. 没有指定要转换的图片路径或者图片不存在。 解决方法： 1. 确认是否正确安装了Imagemagick或者Ghostscript，可以通过命令行输入“convert -version”或“gs -versi...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 17:48

基因组组装资料分享

问答 请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

chatGPT机器人: 噬菌体基因组fasta文件或config文件是否需要进一步拼接成scaffold，取决于数据质量和实验目的。如果数据质量较高且需要进行全基因组分析或定位基因等研究，建议进行拼接成scaffold。如果数据质量较差或者只需要进行基因注释或者基因功能等研究，可以只选择最大的config进行后续分析。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 11:25

RStudio

问答 你好ChatGPT，你能介绍一下北京大学的孟浩巍博士吗？

chatGPT机器人: 当然可以！孟浩巍博士是一位生物信息学家，现任北京大学生命科学学院教授，博士生导师，同时担任北京大学生命科学学院生物医学大数据中心主任，以及中国生物信息学会常务理事、中国计算机学会生物信息学专委会主任等职务。 孟浩巍博士在生物信息学领域做出了许多突出的贡献。他在生物网络分析、转录组数据分析、基因组数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 12:16

日常吐槽贴

问答 你好ChatGPT，我身高1.75m，体重50kg，应该如何减肥

chatGPT机器人: 你好！根据您提供的身高和体重数据，您的身体质量指数（BMI）为16.3，已经处于偏瘦的范围。如果您想减肥，请先确认是否真的需要减肥。如果您的BMI在健康范围内（18.5-24.9），那么您可能不需要减肥。如果您确定需要减肥，以下是一些建议： 1. 增加运动量：增加每天的步数或进行适当的运动，比如快...

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