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chipseq中一共一般有多少峰,可以认为实验是比较靠谱的呢

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-06 11:54

不同的目标蛋白,ChIP-seq的peak数目肯定不同。

具体你这个蛋白是多少,可以看看前人文献,也可以看看公共数据。

另外,选择call peak的阈值时,找出来peak以后要IGV截图看看,是不是真的看上去像个peak,如果阈值选择好了以后,虽然call出来3000个峰,但是随机选300个,都不怎么像,那就说明你cutoff选的不对。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-06 10:20
根据研究的具体对象和实验设计的不同,chipseq实验中的峰值数量可能会有很大的差异。一般来说,一个比较靠谱的chipseq实验应该能够检测到几千到几万个峰值,但具体数量还要根据实验的需求和目的来确定。 对于差异peak的阈值的选择,一般会根据实验的需求和目的来确定。在一些研究中,选择2倍reads的fold change和p值小于0.05作为阈值,而在其他研究中则会选择更严格的阈值,例如4倍reads的fold change和p值小于0.01。选择合适的阈值需要综合考虑实验的灵敏度和特异性,并结合生物学上的意义进行判断。

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发布时间
2023-06-06 10:19
更新时间
2023-06-06 11:54
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