homer

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motif分析

使用homer进行差异基因启动子motif富集分析中，报错，运行结果knowResults文件为空。

运行代码

findMotifs.pl gene_list.txt athaliana -len 12 -start -800 -end 200
geneLlist.txt文件为单列基因ID文件
报错信息：

Progress: Step7 - Known motif enrichment

Reading input files...

0 total sequences read

506 motifs loaded

Cache length = 11180

Using hypergeometric scoring

Checking enrichment of 506 motif(s)

|0% 50% 100%|

=================================================================================

Illegal division by zero at /home/smx-z3/bin/findKnownMotifs.pl line 152.

Progress: Step8 - De novo motif finding (HOMER)

-blen automatically set to 2

Scanning input files...

!!! Something is wrong... are you sure you chose the right length for motif finding?

!!! i.e. also check your sequence file!!!

Use of uninitialized value in numeric gt (>) at /home/bin/compareMotifs.pl line 1394.

!!! Filtered out all motifs!!!

Job finished

是哪里出问题了

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2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-05 23:09

根据报错信息，可以看出问题出在Known motif enrichment这一步，具体来说是在计算hypergeometric scoring时出现了Illegal division by zero错误。这可能由于输入文件中没有基因序列或者序列长度过短导致。因此，需要检查输入文件gene_list.txt中是否包含正确的基因ID，以及这些基因的启动子序列是否符合指定的长度范围。同时，也可以尝试调整参数，比如增加-l参数，以扩大搜索范围。另外，建议检查homer的版本是否最新，并尝试重新安装。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-06 11:55

我感觉还是你这个范围提取序列的时候，出问题了。可能是有的region取不到上游800.

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: zhongyc 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-05 23:01

更新时间: 2023-06-06 11:55

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