双端测序一定要paired去mapping吗？

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为什么双端测序一定要paired一起去mapping呢？我用R1和R2分别mapping再合并的话这样有什么区别呢？谢谢

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-05 14:25

感觉你是没有get到fragment这个概念。

pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。

然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。

但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不会特别特别长，不会超过2Kbp。

所以在pair end mapping的时候，R1和R2的距离也不会太长。

你如果单独mapping，就会导致R1和R2的距离很长，导致mapping错误。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-02 19:27

双端测序的原理是在DNA分子两端分别测序，得到的是两个序列文件，分别称为R1和R2。将这两个文件合并后，可以得到更准确、更完整的DNA序列信息。在进行测序数据分析时，通常需要将双端测序的R1和R2文件进行配对（paired）后再进行mapping。配对（paired）是指将R1和R2两个文件中对应的reads配对起来，形成一个mate pair。这样做的原因是，在双端测序中，每个DNA分子的两端分别被测序，因此可以得到两个方向的信息。当将R1和R2文件分别mapping后，会得到两个独立的结果，而配对后的结果能够更加准确地反映DNA分子的完整信息，如序列长度、插入片段大小等。如果只对R1和R2文件分别进行mapping，再将结果合并，可能会出现以下问题： 1. 丢失信息：对于双端测序得到的mate pair，如果只对其中一个文件进行mapping，可能会丢失一些信息，如插入片段大小等。 2. 结果不准确：如果只对一个文件进行mapping，可能会产生mapping错误，导致结果不准确。因此，为了得到更准确、更完整的DNA序列信息，双端测序一定要paired去mapping。

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: 陈文豪7709 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-02 19:23

更新时间: 2023-06-05 14:25

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