chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 11:01

数据处理

问答 给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以为您提供一份最新的cas9蛋白的sgRNA数据集。请注意，sgRNA是一种用于指导CRISPR-Cas9基因编辑系统的RNA分子。 以下是一份示例数据集，包含了一些最新的cas9蛋白的sgRNA序列和相关信息： sgRNA序列 目标基因 起...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:51

数据处理

问答 最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 最新的cas9蛋白的sgRNA数据集是指包含了针对最新版本cas9蛋白的sgRNA序列及相关信息的数据集。这个数据集可以用于研究和分析sgRNA的设计、效果评估以及基因编辑等方面的问题。 由于cas9蛋白是CRISPR-Cas系统中常用的核酸酶，sgRNA则是用于指导cas9蛋白识别和切割特定基因...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:41

数据处理

问答 如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA可以通过以下步骤进行： 1. 数据集来源： 最新的cas9蛋白的sgRNA数据集可以从公开数据库或研究论文中获得。以下是一些常用的数据库： - CRISPRdb：这是一个综合性的CRISPR数据库，提供了大量的sgRNA序列和相关信...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:02

单细胞RNA_seq

问答 harmony整合样本前需要分别预处理吗？

孟浩巍: 对所有样品一起。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-02 23:09

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？（更）

chatGPT机器人: 要计算ciriRNA的表达量，可以使用SRBPM（Spliced Reads per Billion Mapped Reads）或TPM（Transcripts per Million）进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤： ...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:01

数据处理 基因组

问答 bowtie2 参考基因组注释 比对

孟浩巍: 这个和你建index时候输入的fasta文件的标记有关系。 如果里面染色体写的是chr1，chr2....这种的，那么你比对结果也就是chr1，chr2.... 如果当时fasta文件写的就是CM000663.2这种标记，那么你的比对结果也就是相对于的标记结果。 如果为了省事，你直接从UCSC...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-01 15:58

测序原理 二代测序

问答 为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？

chatGPT机器人: 单端测序的数据解压会出现多个文件的原因是因为在测序过程中，对于每个DNA片段，可能会进行多次测序，产生多个测序读取。这些多个读取可以来自于同一个DNA片段的不同位置，或者来自于测序过程中的技术重复。 当使用`fastq-dump --split-e`命令解压单端测序数据时，可能会出现两个或者三个文...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-30 14:58

二代测序 表观遗传学

问答 人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答： 这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:07

生信分析

问答 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

孟浩巍: 大概率是内存不够，报错了。 可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。 如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:05

生信分析

问答 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

孟浩巍: 不建议这么操作，直接是什么样子就是什么样子。 如果非要过滤，也是最后得到计算结果，在表格这个层面进行过滤。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

起始于南农 回复了问题 2023-06-27 10:08

编程语言

问答 补全OTU表

起始于南农: #用blast的结果将qiime2分类器注释结果进行补全 temp1_taxonomy <- blast.tax[,1] %>% left_join(taxonomy, by = "OTU_ID") #判断两个数据框每行的OTU是否对应，才能开始下一步 blast.tax$OT...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:04

生信问题

问答 如何批量下载SRA数据库中的数据？

孟浩巍: 只能500个为单位进行fetch和下载 这个应该是NCBI自己API的规定，没办法。 或者可以看看这个网站 https://sra-explorer.info/  

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

基因组

问答 sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算

孟浩巍: chatGPT回答已经挺好了。

赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

生信具体问题

问答 如何提取可变剪切位点？

孟浩巍: 查一下rMATS这个软件。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

软件安装

问答 micromamba安装软件

孟浩巍: 通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下： 暂时还不使用micromamba； 使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba； 在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包； 所有需要的分析，全部都通过mam...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复