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如何批量下载SRA数据库中的数据?

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:04

只能500个为单位进行fetch和下载

这个应该是NCBI自己API的规定,没办法。

或者可以看看这个网站

https://sra-explorer.info/

 

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-27 19:25

如何批量下载SRA数据库中的数据?

如果你有一万多个SRR号码,可以通过以下步骤批量下载SRA数据库中的数据:

  1. 使用esearch命令将SRR号码转换成SRA的accession号码:
    • esearch -db sra -query "SRRXXXXXX" | efetch -format runinfo
  2. 将上一步得到的accession号码保存在一个文本文件中,每行一个号码。
  3. 使用prefetch命令批量下载SRA数据:
    • cat accessions.txt | xargs prefetch
  4. 使用fastq-dump命令将SRA数据转化为fastq格式:
    • fastq-dump --split-files SRRXXXXXX.sra

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李祥 注册会员

这家伙很懒,还没有设置简介

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发布时间
2023-06-27 19:24
更新时间
2023-06-30 00:04
关注人数
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