孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 10:35

GO分析 无参转录组

问答 请问无参转录组的GO分析如何进行

孟浩巍: 现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。 如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~    回头我专门写一个帖子讲这个事情。

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pagu 回复了问题 2018-08-27 21:56

生信入门

问答 请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了

pagu: 额……神奇的我保留了一份，看一下可以用不，理论上说应该没问题，这貌似是个二进制文件，不用安装直接使用的那种

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 15:33

芯片数据分析

问答 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

孟浩巍: take this [url]http://aroma-project.org/[/url]  

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woson 回复了问题 2018-08-26 22:27

碱基偏好性 统计

问答 如何计算碱基偏好性？

woson: 你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？ 如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bia...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-26 21:21

R语言

问答 package ‘****’ is not available (for R version 3.5.1)

孟浩巍: [size=14]readDGE应该是edgeR这个包里的函数。[/size] [size=14]edgeR包链接：[/size] [url]http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html[/url] 安装方法： [...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:00

FASTQC 软件使用

问答 使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC

孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。   这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。   仅此而已。

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fcdslz 回复了问题 2018-08-25 01:21

Affy芯片 芯片数据分析

问答 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

fcdslz: [attach]41[/attach] 终于找到了   原来是这么个玩法   那我都删了也行了

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 22:55

Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析

问答 测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。   1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...

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i_thinking 回复了问题 2018-08-24 11:12

edgeR 批次效应 差异表达

问答 如何在差异表达前消除批次效应

i_thinking: 可以试试deseq2

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灵动的小猪 回复了问题 2018-08-24 00:32

生信入门 Gene ID转换

问答 【求助】如何确定一种基因ID的类型

灵动的小猪: 对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 21:56

芯片数据分析

问答 基因表达芯片的分类问题

孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光； 双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。 单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。   常见双通道：甲基化芯片； 常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。

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米婷婷 回复了问题 2018-08-23 20:59

问题求解

问答 如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题

米婷婷: [size=14]fastx_trimmer是为了去掉测序质量不好的两端序列并且统一所有reads的长度，所以只能按照你最终要求的长度来切而不可能去补平，根据fastqc的结果看首尾两端质量较差的片段有多长再决定 -f 和 -l 参数，比如说我的测序长度是150bp, cutadapt 去除完低于1...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 17:21

问题求解 FASTQC

问答 使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。   如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...

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