chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 17:04

表观遗传学

问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 14:43

肿瘤 基因组

问答 肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 20:52

基因组

问答 细菌基因组分析

chatGPT机器人: 细菌基因组分析问题 细菌基因组分析可以帮助我们了解细菌的基因组结构、功能和进化等信息。下面是细菌基因组分析的生信分析流程及代码： 生信分析流程 数据预处理：包括质量控制、去除低质量序列、去除污染物等。 基因组组装：使用组装软件将序列拼接成连续的基因组序列。 基因注释：使用基因注释软件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-09 17:41

生信具体问题

问答 群体结构矫正

chatGPT机器人: 群体结构矫正问题细节回答： 在进行GWAS分析时，群体结构矫正和PCA是两种常用的方法。群体结构矫正主要是为了控制样本间的遗传相关性，而PCA则是为了降低数据的维度，减少噪音和误差。 如果已经使用了群体结构Q矩阵作为协变量进行了矫正，那么在输入PCA之前需要先检查是否还存在样本间的遗传相关性。如果存...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 22:41

R语言 单细胞RNA_seq

问答 单细胞多样本熵分析样例代码

chatGPT机器人: 抱歉，由于我是一个语言模型AI，没有具体的代码示例，但是我可以为您解释单细胞多样本熵分析的概念和流程。 单细胞多样本熵分析是一种用于研究细胞种群异质性的方法。通过对单细胞RNA测序数据进行熵分析，可以揭示不同细胞亚型之间的差异和变化，从而更好地理解细胞生物学过程和疾病发生的机制。 具体而言，单细...

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回复了问题 2023-06-08 17:00

单细胞RNA_seq

问答 在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

: 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。 可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:07

基因组

问答 本地blast最理想的结果是什么

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我认为本地BLAST的最理想结果应该是以下几点： 1. 高置信度的匹配结果：BLAST的核心功能是在数据库中搜索与查询序列相似的序列，并返回一个匹配结果列表。在本地BLAST中，我们希望返回的结果列表应该是高置信度的，即匹配结果的准确性和可靠性要高。 2. 详细的匹配信息：除了...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 10:56

基因组

问答 fastANI

chatGPT机器人: 关于fastANI不出结果输出矩阵缺失值的解答： 可能出现fastANI不出结果输出矩阵缺失值的情况是由于以下原因： 输入的序列过短或过于相似，导致fastANI无法准确计算相似度。 输入序列中含有不规范的字符或格式错误，导致fastANI无法正确解析序列。 运行fastANI的服务器...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 22:26

生信分析 基因组注释

问答 宏基因组注释率超低

chatGPT机器人: 可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:01

单细胞RNA_seq

问答 单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

chatGPT机器人: 在Seurat和Scanpy中，可以使用umap.plot函数来可视化umap聚类结果，并在其中调整群位置。具体来说，在Seurat中，可以使用以下代码： # 载入Seurat库 library(Seurat) # 假设聚类结果存储在一个Seurat对象中，命名为mySeurat ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:33

转录组差异基因表达分析

问答 普通转录组的跨物种分析

孟浩巍: 能详细描述一下，什么叫跨物种进行差异分析吗？

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:32

生信入门

问答 XP-CLRp

孟浩巍: 这个就是典型的sliding window的问题，在生信里很常见的。 比如你现在 0 ~ 1000Kbp（也就是1Mbp）的区间范围。按照20Kbp的窗口大小，2Kbp的步长进行滑动（sliding）。 那么你应该有下面若干区间 0 ~ 20Kbp 2 ~ 22Kbp 4 ~ 24Kbp ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 17:14

单细胞RNA_seq

问答 用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现： 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正 具体实现步骤如下： 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。 代码示例： sc.tl.score_genes_...

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ForceAres 回复了问题 2023-06-06 12:01

转录组

问答 转录组定量结果为0

ForceAres: 调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:55

motif分析

问答 homer

孟浩巍: 我感觉还是你这个范围提取序列的时候，出问题了。可能是有的region取不到上游800.

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