该问题已被锁定!
2
关注
2052
浏览

肿瘤样本的VAF值

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-13 14:43

对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况,一般来说不正常。因为VAF(Variant Allele Frequency)是指突变等位基因在总等位基因中的比例,而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来,所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外,还有正常等位基因。因此,如果肿瘤样本中VAF等于1,就意味着这个位点上所有等位基因都是突变等位基因,这是不太可能的情况。

导致VAF=1的可能原因有很多,例如:

  • 样本制备或测序过程中的误差
  • 样本污染
  • 样本中存在CNV(拷贝数变异)
  • 组织异质性
  • 突变存在于肿瘤细胞的每个基因组拷贝中,例如某些癌症相关基因的敲除突变

因此,肿瘤样本的VAF不应该等于1。一般来说,肿瘤细胞中突变等位基因的比例应该低于50%,因为肿瘤细胞中还存在正常等位基因。具体来说,VAF的高低取决于突变等位基因和正常等位基因在肿瘤细胞中的相对数量,以及该位点的CNV情况。

问题动态

发布时间
2023-06-13 14:39
更新时间
2023-06-13 14:43
关注人数
2 人关注

相关问题

单细胞多样本熵分析样例代码
在用seurat做多样本整合的时候的问题
转录组数据样本聚类结果不理想
转录组组内样本差异大
RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因
ATAC-seq数据多样本call peak如何合并?
smart-seq2样本质检报告说有小片段,请问那还可以建库么?
ATAC-seq不同测序量样本的差异比较
harmony整合样本前需要分别预处理吗?
麻烦问下,转录组差异分析,我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

推荐内容

修改代码:报错Error: strip arg must be None or str
怎么用prokka做批量注释
用pbs作业系统提交作业,发现激活conda环境失败
一个cohort中,某基因count大于多少才有意义?
本地blast最理想的结果是什么
为什么用prokka注释完,都是假设蛋白质
bowtie2 参考基因组注释 比对
宏病毒组做binning分析
fastANI
宏基因组进行binning分析
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025