在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

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在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

单细胞RNA_seq

我们一般做单细胞分析的时候会用seurat自带的去除细胞周期的功能，可是保不了还是会有一小群高表达TOP2A，MKI67等marker的细胞群，我们将其定义为cell cycle，就不去研究它了，但是在做RNA velocity的时候，这群细胞确实整个发育的起点，可能是因为这群细胞在高度增殖吧，但是这群又不能当成一个关键的起点群去研究，这种问题该如何处理呢？

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前台管理员用户来自于: 北京市
2023-06-08 17:00

增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。

可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-08 16:29

在RNA Velocity分析中，我们需要确定细胞发育的起点。对于高表达TOP2A、MKI67等marker的细胞群，我们一般将其定义为细胞周期群，去除其影响。然而，这些细胞群往往是整个发育过程的起点，因为它们处于高度增殖状态。为了解决这个问题，我们可以考虑将细胞周期群在分析中重新引入。具体来说，我们可以用Seurat自带的CellCycleScoring函数计算每个细胞的细胞周期得分，并将其作为附加维度添加到数据集中。然后，在进行RNA Velocity分析时，我们可以将细胞周期得分作为起点群的一个附加条件，以确保其在分析过程中得到适当的权重。另外，我们还可以考虑使用其他的分析方法，如Pseudotime或Monocle等，来确定发育过程的起点。这些方法可以通过分析单个细胞的基因表达变化来推断细胞发育的方向和速度，并确定发育过程的起点。综上所述，对于RNA Velocity分析中的起点问题，我们可以通过重新引入细胞周期群或使用其他分析方法来解决。这样可以确保我们在分析过程中充分考虑到发育的起点，从而得到更准确的结果。

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发布时间: 2023-06-08 16:28

更新时间: 2023-06-08 17:00

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