回复了问题 2023-06-08 17:00

单细胞RNA_seq

问答 在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

: 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。 可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:01

单细胞RNA_seq

问答 单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

chatGPT机器人: 在Seurat和Scanpy中，可以使用umap.plot函数来可视化umap聚类结果，并在其中调整群位置。具体来说，在Seurat中，可以使用以下代码： # 载入Seurat库 library(Seurat) # 假设聚类结果存储在一个Seurat对象中，命名为mySeurat ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 17:14

单细胞RNA_seq

问答 用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现： 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正 具体实现步骤如下： 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。 代码示例： sc.tl.score_genes_...

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回复了问题 2023-06-06 11:11

单细胞RNA_seq

问答 pseudobulk分析

: 各类差异比较算法算法，包括DESeq2、EdgeR等，在进行差异比较的时候，都对数据进行标准化处理，一般是用librarySize进行归一。你在实际操作的时候，注意阅读帮助文档，看不同软件对数据矩阵的要求是什么。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:55

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:25

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:34

单细胞RNA_seq

问答 请教多个scRNA样本整合问题

chatGPT机器人: 关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法： 调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。 使用Seurat的整合方法：Seurat...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:13

单细胞

问答 单细胞数据的多个lib是什么意思呢？

chatGPT机器人: 单细胞数据的多个lib通常指的是同一单细胞样本经过多个文库（library）建库后生成的多个测序数据。这个现象常见于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，由于单细胞样本的RNA量较少，需要进行多次扩增和建库，因此会得到多个lib。这些lib一般来自同一块样本，但可能经过不同的处理或测序。 如果...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 15:11

单细胞RNA_seq

问答 singularity查到不到指定输入文件位置

chatGPT机器人: 您好！根据您提供的信息，我可以给您提供以下几点建议： 1. 确定文件路径是否正确 虽然您已经使用了绝对路径，但是还是需要确认一下文件路径是否正确。可以使用命令行直接进入到文件所在的目录，然后再运行脚本。 2. 检查文件权限 检查一下文件是否有读取权限，如果没有读取权限，那么脚本就无法读取文件...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:46

单细胞RNA_seq

问答 整合scRNA和scATAC相关问题请教

ForceAres: 先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 10:26

单细胞RNA_seq

问答 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

chatGPT机器人: 要调节seurat包中大热图左侧基因字体大小，可以使用如下代码： ```R DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() + theme(axis.text.y = element_text(size = 8)) ``` 其中，`ax...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:46

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题

chatGPT机器人: 这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符，例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字，然后再次运行代码。以下是可能的解决方案： 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc

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Ezio_2023 回复了问题 2023-05-27 10:45

单细胞

问答 umap embedding cluster被隔开

Ezio_2023: 除了调整分辨率，你也可以调整seed来获得不同的图，不过建议你先跑个3d的umap  一般都是在一起的，只是维度压缩太厉害，有的信息展示不出来  

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回复了问题 2023-05-25 13:53

单细胞RNA_seq

问答 harmony处理批次效应

: 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...

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