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在一组菌侵染植物的转录组数据中,下机数据为菌和植物的转录组数据,适合时序分析,如何寻找其差异表达基因?找到差异基因后如何寻找在同一时间内,菌和植物中相互关联的基因?还有一类相互关联的基因,比如菌在1h侵染后,植物在4h才开始响应调控表达,如何寻找这类基因?
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一般这种就是非常典型的动态调控,常用的有下面几种做法:
1. 可以先把差异基因都找出来,然后做个heatmap
2. 把高变基因做个PCA看高权重基因;
3. 尝试WGCNA,类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364)
其中就是利用WGCNA解决每个发育时期的响应基因的。
这家伙很懒,还没有设置简介
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