在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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想要提取指定基因的行信息

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转座子分类

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参考基因组添加外源基因序列进行比对

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信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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