关于基因间的相关性分析

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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宏基因组进行binning分析

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噬菌体比较基因组分析流程

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基因互作网络和蛋白互作网络

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一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

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细菌基因组分析

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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