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为什么双端测序一定要paired一起去mapping呢?我用R1和R2分别mapping再合并的话这样有什么区别呢?谢谢
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感觉你是没有get到fragment这个概念。
pair reads是来自于打断的片段,这个片段叫fragment。
然后如果fragment的长度长过300bp,那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。
但是能确定是来自同一个fragment,这个fragment一般来说不会特别特别长,不会超过2Kbp。
所以在pair end mapping的时候,R1和R2的距离也不会太长。
你如果单独mapping,就会导致R1和R2的距离很长,导致mapping错误。
这家伙很懒,还没有设置简介
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