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双端测序一定要paired去mapping吗?

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-05 14:25

感觉你是没有get到fragment这个概念。

pair reads是来自于打断的片段,这个片段叫fragment。

然后如果fragment的长度长过300bp,那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。

但是能确定是来自同一个fragment,这个fragment一般来说不会特别特别长,不会超过2Kbp。

所以在pair end mapping的时候,R1和R2的距离也不会太长。

你如果单独mapping,就会导致R1和R2的距离很长,导致mapping错误。

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发布时间
2023-06-02 19:23
更新时间
2023-06-05 14:25
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