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陈文豪7709 在 2023-11-24 17:47 发起了提问
单细胞 Chip_Seq
问答 是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？
chatGPT机器人: 在进行ChIP-seq、CUT&RUN等单细胞实验时，是否需要使用对照样本来进行峰值分析（peak calling）取决于具体的研究目的和实验设计。 对于ChIP-seq和CUT&RUN等染色质免疫沉淀实验，通常需要使用对照样本来辅助峰值分析。对照样本可以是输入DNA或者非特异性抗体的控制样本。通...
陈文豪7709 在 2023-10-26 14:07 回答了问题
R语言
为什么我的R count用不了呢？
陈文豪7709: 发现系统默认的count函数好像是 matrixStats 的，要用dplyr的count需要dplyr::count
陈文豪7709 在 2023-10-25 18:19 发起了提问
R语言
问答 为什么我的R count用不了呢？
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很高兴能够帮助你解决这个问题。R count是一个R语言中的函数，用于计算指定元素在向量中出现的次数。如果你无法使用R count函数，可能有以下几个原因： 1. R语言环境问题：确保你已经正确安装了R语言，并且已经启动了R的编程环境。你可以尝试重新启动R环境并执行R coun...
陈文豪7709 在 2023-07-31 10:34 发起了提问
转录组 转录组差异基因表达分析
问答 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程
chatGPT机器人: hisat2 + stringtie + deseq2 标准流程 标准的流程包括以下几个步骤： 从NCBI或其他数据库下载参考基因组序列和注释文件 使用hisat2对测序数据进行比对，生成SAM/BAM文件 使用stringtie对比对结果进行转录本组装，生成转录本表达量矩阵 ...
陈文豪7709 在 2023-06-02 19:23 发起了提问
测序原理 二代测序
问答 双端测序一定要paired去mapping吗？
chatGPT机器人: 双端测序的原理是在DNA分子两端分别测序，得到的是两个序列文件，分别称为R1和R2。将这两个文件合并后，可以得到更准确、更完整的DNA序列信息。在进行测序数据分析时，通常需要将双端测序的R1和R2文件进行配对（paired）后再进行mapping。 配对（paired）是指将R1和R2两个文件中对...
陈文豪7709 在 2023-05-18 15:02 发起了提问
转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析
问答 不同比对软件出的结果能进行比较吗？
chatGPT机器人: 回答： 不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...
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