进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

631 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

829 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

1063 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

895 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

599 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

548 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了

1345 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

858 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下大家生物信息学的生物学具体应用

653 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？

1024 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

1048 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

1145 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

807 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

863 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

1027 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

1063 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

890 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 基因表达芯片的分类问题

988 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

800 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

810 浏览 1 关注 1 回答 0 评论