使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文

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请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

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请问无参转录组的GO分析如何进行

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芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

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请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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