该问题已被锁定!
2
关注
2779
浏览

我测了一批寄生蜂的转录组样品,FPKM值感觉好奇怪,合理吗?

查看全部 3 个回答

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-19 15:44

关于寄生蜂转录组样品的FPKM值是否合理的回答:

首先,FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)是一种基因表达量的标准化方法,用于衡量转录本表达的相对丰度。

由于不同基因的长度不同,FPKM值可以对不同基因的表达量进行比较,因此是一种常用的转录组分析方法。

但是,FPKM值的大小与不同实验条件、不同样本处理方法、不同测序平台等因素都有关系,因此需要谨慎解释和比较。

针对华大云平台返回的FPKM值好大的情况,我们需要考虑以下几个方面:

  • 样品数量和质量:样品数量和质量的差异可能会影响FPKM值的大小。如果样品数量太少或者质量不好,可能会导致FPKM值偏高。
  • 对照组的选择:如果没有对照组或者选择了不合适的对照组,也可能导致FPKM值偏高。
  • 基因本身的表达量:某些基因的表达量本来就很高,因此其FPKM值也会偏高。
  • 测序深度:测序深度越高,FPKM值也会越高。

因此,需要综合考虑以上因素,对FPKM值进行合理解释和比较。

关于作者

问题动态

发布时间
2023-05-19 15:37
更新时间
2023-05-20 16:13
关注人数
2 人关注

相关问题

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?
RNA-seq,样本中存在同一基因对应不同的FPKM值
FPKM计算问题
在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下,如何利用cuffdiff进行差异基因分析。
RNA-seq count值和fpkm值不对应

推荐内容

ciriRNA表达量如何计算?
对突变组和对照组的某基因表达量做T检验
不同比对软件出的结果能进行比较吗?
菌侵染植物的转录组分析中,若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化,过了三个小时后才引起植物基因的变化,如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来,有没有类似的文献推荐?
原核生物的转录组测序为什么比真核的贵?
无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因
ciriRNA表达量如何计算?(更)
转录组和代谢组联合分析的方法有那些?
转录组定量结果为0
植物TWAS流程
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025