在网上搜流程,不知道什么时候要不要stringtie --merge,另外我做出来的count的ID都是MSTRG,不知道后续怎么分析
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标准的流程包括以下几个步骤:
对于你的第一个问题,是否需要使用stringtie --merge,要看你的实验目的和数据类型。
如果你有多个样本或多个测序数据集,想要将它们合并成一个转录本注释文件,那么你需要使用stringtie --merge。
如果你只有一个测序数据集,或者你只对单个样本进行分析,那么你可以不使用stringtie --merge。
对于你的第二个问题,关于count的ID都是MSTRG,你可以按照以下步骤进行后续分析: