在网上搜流程，不知道什么时候要不要stringtie --merge，另外我做出来的count的ID都是MSTRG，不知道后续怎么分析
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标准的流程包括以下几个步骤：
对于你的第一个问题，是否需要使用stringtie --merge，要看你的实验目的和数据类型。
如果你有多个样本或多个测序数据集，想要将它们合并成一个转录本注释文件，那么你需要使用stringtie --merge。
如果你只有一个测序数据集，或者你只对单个样本进行分析，那么你可以不使用stringtie --merge。
对于你的第二个问题，关于count的ID都是MSTRG，你可以按照以下步骤进行后续分析：
