单细胞seurat对象的基因过滤 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

3751: 浏览

单细胞seurat对象的基因过滤

单细胞seurat对象x，在质控(去掉线粒体基因表达比例>10%的细胞等)之后，想去除线粒体基因和核糖体基因等，应该如何操作呢？尝试了如下代码：mito_genes <- grep("^mt-", rownames(x), value = TRUE)
x <- subset(x, features = !rownames(x) %in% mito_genes)没有成功

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

Ezio_2023 注册会员用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话，上面的应该不行，建议从gtf里面提取线粒体的基因来做，我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

赞同 0 4评论

关于作者

: SeaWestKing 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-18 15:39

更新时间: 2023-05-18 17:06

关注人数: 1 人关注

相关问题

表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？: 1033 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

细菌基因组分析: 1320 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据已知序列查找其第三代基因组编号: 1024 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？: 1533 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

基因组组装问题: 1594 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 1327 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 1296 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1430 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

群体内同源基因的所有变异: 1005 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 1177 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 1204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问运行harmony后counts数变成小数: 1151 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 pseudobulk分析: 2268 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 1374 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2130 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问空转bin_size: 1312 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？: 1451 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 GEO数据读入: 955 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025