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单细胞seurat对象的基因过滤

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Ezio_2023 注册会员 用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话,上面的应该不行,建议从gtf里面提取线粒体的基因来做,我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

 

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发布时间
2023-05-18 15:39
更新时间
2023-05-18 17:06
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