单细胞seurat对象的基因过滤 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

5450: 浏览

单细胞seurat对象的基因过滤

单细胞seurat对象x，在质控(去掉线粒体基因表达比例>10%的细胞等)之后，想去除线粒体基因和核糖体基因等，应该如何操作呢？尝试了如下代码：mito_genes <- grep("^mt-", rownames(x), value = TRUE)
x <- subset(x, features = !rownames(x) %in% mito_genes)没有成功

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

Ezio_2023 注册会员用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话，上面的应该不行，建议从gtf里面提取线粒体的基因来做，我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

赞同 0 4评论

关于作者

: SeaWestKing 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-18 15:39

更新时间: 2023-05-18 17:06

关注人数: 1 人关注

相关问题

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 2501 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 4928 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 2644 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

群体内同源基因的所有变异: 1630 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞数据的多个lib是什么意思呢？: 1637 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞RNA-seq分析流程: 2329 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 2310 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1710 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 2226 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？: 2654 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 2255 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 4501 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问整合scRNA和scATAC相关问题请教: 2843 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 2499 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 2066 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 2192 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 4928 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3058 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 4883 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025