bowtie2 参考基因组注释 比对

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根据已知序列查找其第三代基因组编号

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转录本坐标转换成基因组坐标

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宏基因组注释率超低

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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EVM整合基因组注释

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annotatePeak peak基因组注释

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第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗

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基因组组装问题

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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