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reads比对的统计

各位，转录组测序，使用hisat2将reads比对到基因组之后，需要统计reads比对到外显子，内含子，基因间隔区的reads数量，请问使用什么软件来进行统计，我尝试自己写脚本，但是感觉难度有点大。。。

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1 回答

minus_yao 初级会员用户来自于: 广东省广州市
2018-09-03 10:10

可以用RseQC 软件中的脚本，是一个python包，有geneBody_coverage2.py, read_distribution.py, RPKM_saturation.py进行测序结果统计分析

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发布时间: 2018-09-02 08:33

更新时间: 2018-09-03 10:10

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