首页
问答
文章
专栏
大咖
更多
话题
帮助
请输入关键字进行搜索
查看更多 "
" 的搜索结果
登录
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
关注问题
回答问题
该问题已被锁定!
3
关注
1908
浏览
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
R
芯片数据分析
Affy芯片
质量控制
RNASeq数据处理
[attach]37[/attach] 如图所示,这个图该如何解读?
阅读全文
收起全文
关注问题
回答问题
邀请回答
好问题
0
评论
收藏
举报
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
展开
收起
0
评论
为什么被折叠?
0 个回复被折叠
1
回答
热门排序
最新排序
热门排序
只看楼主
孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-24 23:09
MAplot是一个非常好的质控图,无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。 假设有ctrl和treat两组数据,gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K], MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值, M[K] = 0.5 * log2(ctrl[K] * treat[K]); 这个几何平均数的log2值就可以衡量这个gene的大概表达量,是高表达gene还是低表达gene. MAplot的Y轴就是每个gene的log2 FoldChange, A[K] = log2(treat[K] / ctrl[K]), 这个量表达的是变化关系,0表示没变化,大于0表示treat中升高,小于0表示降低。 那么MAplot的意义是什么呢?这个主要和我们的基本假设有关系,我们一般在做芯片或者是RNA-Seq分析的时候,都默认绝大多数的gene不发生变化,高表达的gene不发生变化。因此,在MAplot中,我们应该看到: 1. 绝大多数的点,Y轴都在0附近; 2. X轴很靠右的点,几乎不怎么发生变化; 3. 发生显著性变化的点,比较均匀地分布在X,Y轴的两侧。 如何不满足上面的特点,就说明要对数据进行校正,使其满足我们的基本假设,才能够进行下一步的统计检验。
阅读全文
收起全文
赞同
4
0
评论
分享
复制链接
新浪微博
腾讯空间
微信扫一扫
0
评论
关于作者
fcdslz
超级管理员
这家伙很懒,还没有设置简介
13
回答
1
文章
12
问题
问题动态
发布时间
2018-08-24 15:31
更新时间
2018-08-24 23:09
关注人数
3 人关注
相关问题
如何按一个列表对基因型文件进行过滤,剔除不需要的样本?
1857 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?
1818 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
【提问】大家在精读一篇文献的时候有好句,好思路或者可用的新方法怎么进行知识整理呢?
1468 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类?
2097 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类
1675 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
macs2进行peak calling
2167 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响?
1927 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤
1906 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异
1218 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
进行转录组数据分析时,进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中,一个基因出现了两个不同的表达量数据,应该如何处理?
1315 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
推荐内容
问
sRNA_seq分析
1248 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
转录组数据样本聚类结果不理想
1807 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图
1361 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual
2371 浏览
2 关注
3 回答
0 评论
问
GEOquery下载GEO数据软件报错
2347 浏览
4 关注
3 回答
0 评论
问
关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件,为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别?
2070 浏览
2 关注
2 回答
0 评论
问
Rstudio怎么打开project
1982 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
关于ggplot2画条图的问题
1267 浏览
2 关注
1 回答
0 评论
问
RNA-seq logFC与pvalue
1280 浏览
1 关注
1 回答
0 评论
All Rights Reserved Powered BY
WeCenter V4.1.0
© 2025
关于我们
社区规范
你的浏览器版本过低,可能导致网站部分内容不能正常使用!
为了能正常使用网站功能,请使用以下浏览器
Chrome
Firefox
Safari
IE 10+