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harmony处理批次效应

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前台管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-25 13:53

个人建议是,在做样本合并之前,先对每个样本单独进行FindVariableFeatures,得到每个样本的高变异基因(hvf),而后取样本hvf的并集,作为后续合并完成的SeuratObject的hvf,这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后,再对合并完成的SeuratObject进行ScaleData和RunPCA的操作,然后再RunHarmony进行批次效应矫正。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51
根据Seurat官方文档的建议,最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures,ScaleData和RunPCA的操作,以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响,并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并,并对合并后的数据进行Harmony操作。因此,建议在处理批次效应问题时,应该首先对每个样本进行单独的预处理,然后再进行数据合并和批次效应的处理。

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发布时间
2023-05-23 15:44
更新时间
2023-05-25 13:53
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