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harmony处理批次效应

单细胞RNA_seq

假如现在有sampleA，sampleB两个样本，在合并之前，是否需要单独对sampleA 和sampleB做FindVariableFeatures，ScaleData，RunPCA呢？还是直接合并sampleA 和sampleB的seurat对象，合并之后统一去做？然后再进行harmony

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前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-25 13:53

个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行ScaleData和RunPCA的操作，然后再RunHarmony进行批次效应矫正。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51

根据Seurat官方文档的建议，最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures，ScaleData和RunPCA的操作，以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响，并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并，并对合并后的数据进行Harmony操作。因此，建议在处理批次效应问题时，应该首先对每个样本进行单独的预处理，然后再进行数据合并和批次效应的处理。

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发布时间: 2023-05-23 15:44

更新时间: 2023-05-25 13:53

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