SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

1363: 浏览

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

数据处理

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都是1030条reads。然后下载的SRR1924430_hdf5.tgz解压后，使用工具pbh5tools参数ccs提取fastq，emmm，reads数量：1025条。所以，问题1：为什么会出现如图所示的情况（没有输出的reads是什么，为什么不输出）？问题2：为什么从hdf5文件中提取的reads数量与下载的fastq中reads数量不一致?

好问题 0 评论收藏举报

0 回答

暂无回答

关于作者

: xsp 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 17:19

更新时间: 2018-09-25 17:19

关注人数: 1 人关注

相关问题

双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 2147 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

公司双端测序的数据R1R2处理: 2937 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 2343 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?: 2471 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？: 1417 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

数据下载: 2111 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

通过SRA编号寻找对应的文章: 1798 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 2171 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？: 2836 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1866 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 bowtie2 参考基因组注释比对: 3351 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA: 1956 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 module 'RNA' has no attribute 'fold_compound': 1856 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 WES数据下游分析和可视化结果展示: 2860 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Homer预测motif: 2498 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 2047 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux软件安装: 1966 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chip-seq数据下载有多个SRA: 2490 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux bam数据替换: 2683 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025