细菌基因组分析

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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获取所有基因的转录起始位点（TSS）

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问 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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问 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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问 WGCNA

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问 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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问 用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

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问 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

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问 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

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问 ciriRNA表达量如何计算？

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问 HISAT2建立索引

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问 转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

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