根据已知序列查找其第三代基因组编号

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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基因组组装

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

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基因表达芯片的分类问题

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如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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蛋白表达矩阵

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无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

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问 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

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问 WGCNA

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问 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

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问 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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问 转录组测序问题

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问 用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

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问 我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

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问 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

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问 链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

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问 进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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