芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。
1个经历:
分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本,做差异表达基因分析时候,LNCaP和ABL细胞系的差异基因均为0,且做hclust图的时候也很明显发现control和mutant都没有分开。
在去除批次效应之后可以找到差异基因,且hclust图也会有比较明显效果。
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