非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

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如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表

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使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

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芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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聚类数据标准化

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二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

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GWAS 数据存储网站

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GEOquery下载GEO数据软件报错

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去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

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公司双端测序的数据R1R2处理

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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