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孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 21:55 单细胞RNA_seq: 问答单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 14:08 芯片数据分析: 问答当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

孟浩巍: 一般来说是不可以的。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-20 14:02 CHIpseeker: 问答 ChIPseeker 报错

海王坑: covplot(F, weightCol="V5") 这一步能出图吗？不能的话，前面文件载入和包的问题 R语言里面方括号表示数组下标，看不懂你这F_peak; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

i_thinking 发起了提问 2018-09-20 10:27 homer motif分析: 问答 homer

老铁们，找完motif，如何筛选可信的motif呢？谢谢:; 关注问题 1  0  0 评论

城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-19 21:09 从基因组上获取序列: 问答知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

城管大队哈队长: 制作成bed文件，用bedtools的getfasta即可。楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38 生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题: 问答关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 20:21 Limma 芯片数据分析: 问答求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

rubick 发起了提问 2018-09-19 18:04 测序教程: 问答有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗

从rna到最后pathway 一套流程:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:58 基因组: 问答 read过滤的问题

孟浩巍: 切了，就完事了。纠结那么半天。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:55 RNASeq数据处理 cuffdiff: 问答关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。

孟浩巍: 如果时间很长，我建议你先使用默认参数，然后使用十分之一的数据确定能够运行成功再说~~ 能够成功运行以后，再扔后台慢慢跑就行了，-p参数是控制CPU个数的，多设置几个就行。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 13:54 TCGA: 问答 TCGA数据下载

孟浩巍: TCGA的BAM数据需要授权下载，需要你们学院的院长提出申请，然后写申请报告之后才可以下载。; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 13:53 miRNA: 问答问一个关于miRNA ID的问题

孟浩巍: 一般指版本号。; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 1 回复

sylar 发起了提问 2018-09-19 11:07 RNA_seq: 问答 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

[b]#Load data[/b] counts=read.csv("F:/data.csv", row.names=1, header=TRUE, check.names=FALSE) [b]#converting counts to integer mode[/b] colData = data...:; 关注问题 1  0  0 评论

fcdslz 发起了提问 2018-09-19 09:51 R语言: 问答求助：R语言中rm(list=ls())的函数化方式？

如题:; 关注问题 2  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 08:35 芯片数据分析: 问答小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

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