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生信问题

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:35 生信问题 生信具体问题: 问答如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

chatGPT机器人: 可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。以下是具体的操作步骤：安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装： sudo apt-get install bcftools 使用bcftools进行过滤，命令如下： bcftools v...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:41 生信问题: 问答 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

孟浩巍: 这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度，一般单compartment也要10Mbp这个单位； TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域，一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围； loop尺度更小，更强调小范围内引起的互作。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:39 问题求解 生信问题 生信具体问题: 问答使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？能复现错误，之后才好进一步排查。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 21:00 生信问题: 问答 qpAdm结果解读

chatGPT机器人: 1. fixed right pop的选择没有特别的要求，但是需要注意选择的populations需要和研究对象有一定的关联性，以确保结果的可靠性。同时，选择的populations需要具有高质量的基因组数据，以避免数据质量问题对结果的影响。 2. 在选择rotation pop和left pop...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 20:29 生信问题: 问答 how to speed up following code

chatGPT机器人: 为了加速以下代码，建议使用查表法（Look-up Table，LUT）来代替switch case语句。将每个碱基与其对应的数字进行映射，可以通过查表来快速找到碱基所对应的数字。以下是一个示例代码： ```python # 创建查表字典 lut = { 'A': 0, 'T': 1...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 23:02 生信问题: 问答 de novo mutation检测和判断

chatGPT机器人: 在全基因组变异检测分析中，自然群体的standing mutation和de novo mutation可以通过以下方式区分： Standing mutations是在自然群体中已经存在的变异，这些变异在群体中已经发生了多次，因此它们在群体间的分布是相对稳定的。我们可以通过对多个个体的WGS数...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06 生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组: 问答链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 12:16 生信问题: 问答如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

chatGPT机器人: 首先，FUBAR是一种基于贝叶斯方法的正选择压力检测工具，用于检测基因在进化过程中是否受到了正选择的作用。通过FUBAR的分析结果，我们能够获得每个位点的正选择概率值。在计算该基因的dn/ds值之前，我们需要先了解什么是dn/ds值。dn/ds值是指非同义突变（dn，即replacement s...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 11:40 生信问题: 问答染色体号是罗马数字怎么写sh循环

孟浩巍: 类似 for chr_name in chrI chrII chrIII chrIV do xxx done; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 发起了提问 2018-09-30 13:32 生信入门 生信问题 生信分析: 问答关于生存分析的问题

[attach]289[/attach] 我想知道这样的表格是怎么制作的，展示的这张是一篇文献中的表，他是自己提取TCGA的clinical中的信息做的还是有其他的什么软件或者包之类的？:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45 生物信息学 生信问题: 问答关于GO分析的问题

孟浩巍: 可以，但是有可能注释不全。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

i_thinking 回复了问题 2018-09-27 15:04 生信问题: 问答 rna-seq数据校正

i_thinking: 好的，感谢孟老师; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38 生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题: 问答关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

minipeach 发起了提问 2018-09-17 18:03 生信问题: 问答基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

:; 关注问题 1  0  1 评论

xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03 生信分析 生信问题: 问答关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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