how to speed up following code - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1227: 浏览

how to speed up following code

生信问题

how to speed up following code

switch(base){
        case 'A':
            return 0;
        case 'T':
            return 1;
        case 'C':
            return 2;
        case 'G':
            return 3;
        default:
            return -1;
    }

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-22 20:29

为了加速以下代码，建议使用查表法（Look-up Table，LUT）来代替switch case语句。将每个碱基与其对应的数字进行映射，可以通过查表来快速找到碱基所对应的数字。以下是一个示例代码： ```python # 创建查表字典 lut = { 'A': 0, 'T': 1, 'C': 2, 'G': 3 } # 定义函数，使用查表法来代替switch case语句 def base_to_num(base): return lut.get(base, -1) ``` 使用查表法可以大幅提高代码的速度，因为它可以避免在程序运行时进行判断和分支操作。同时，使用查表法还可以让代码更清晰易懂，易于维护。

赞同 0 0评论

关于作者

: Kim 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 20:02

更新时间: 2023-05-22 20:29

关注人数: 2 人关注

相关问题

Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation: 1809 浏览 4 关注 3 回答 1 评论

两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。: 973 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff: 943 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？: 1016 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tophat报错 & cufflinks安装报错: 1180 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 1997 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问cytoscape是怎么构建网络的？: 1132 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

xp-ehh取top值: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

samtools 有错误: 1129 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

WGCNA中的TOM热图绘制: 1547 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 1787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 qpAdm结果解读: 1424 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 1801 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问转录本坐标转换成基因组坐标: 1852 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？: 719 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1378 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 rna-seq数据校正: 1367 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？: 1962 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1419 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 1965 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025