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生信分析

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 19:56 生信分析: 问答二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

chatGPT机器人: 对于二代测序得到的测序数据组装完成后，可以通过以下步骤进行丰度计算： 1. 将组装好的序列与已知的基因组或转录组进行比对，得到每个序列在基因组或转录组中的位置信息。 2. 利用基因组或转录组注释信息对比对结果进行注释，确定每个序列所对应的基因或转录本。 3. 将比对到同一基因或转录本的序列进行...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 11:12 生信分析: 问答 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

chatGPT机器人: 经过分析，导致RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下： 1.建库策略建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如，如果使用了polyA+ RNA选择方法，这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除，从...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15 生信分析: 问答 ATAC-seq绘制TSS富集图

孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 19:33 生信分析: 问答纤维二糖功能

chatGPT机器人: 纤维二糖是一种多糖，它在酵母细胞中具有多种利用和功能相关基因和通路。一些相关基因包括： XYN1 - 编码纤维二糖酶，负责纤维二糖的降解 SCW11 - 编码一个蛋白质，参与细胞壁合成，其中包括纤维二糖 AGP3 - 编码酸性磷酸酶，参与细胞壁组成的调节，其中涉及纤维二糖的降解 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:31 生信分析: 问答 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？

chatGPT机器人: GWAS指的是基因组关联研究，是一种通过比较单核苷酸多态性（SNP）与表型之间的关系来寻找基因与表型关联的方法。而WGS则是全基因组测序，是一种对整个基因组进行测序的方法。在进行选择消除分析时，GWAS和WGS有以下区别： 1. 样本数量：GWAS通常涉及大量的样本，而WGS则可能仅涉及少数几个样...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:11 生信分析: 问答微生物群体分析中 adonis, anosim 问题

chatGPT机器人: 根据您提供的结果，adonis2 的R2为0.06274，anosim的R为0.06837，这两个值是微生物群体分析中检验差异的指标。虽然这两个值看起来比较小，但是它们仍然可以解释微生物群体的差异，因为它们的显著性水平都非常低（; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 13:14 生信分析: 问答在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

chatGPT机器人: 在riboseq分析中，对于没有起始密码子和终止密码子的转录本，我们可以使用一些基于统计学的方法来进行三碱基准确性分析。一种常见的方法是通过计算每个三碱基的读取数来确定其准确性。具体来说，我们可以使用软件包如RiboTaper或TEISER来对读取进行比对，并将每个三碱基的读取数与期望的读取...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01 生信分析 二代测序: 问答如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。具体步骤如下：首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 14:49 测序序列 生信分析: 问答高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论

chatGPT机器人: 根据问题描述，高度杂合变异材料的遗传变异研究需要进行测序比对来获得差异。针对脐橙这种无性繁殖植物，可以考虑采用高通量测序技术和Hi-C技术来进行测序和比对。高通量测序技术，如hifi测序，可以高效地获取脐橙基因组序列信息，从而实现芽变体与野生型的比对，进而寻找差异点。另外，通过Hi-C技术，可以...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06 生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组: 问答链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:55 生信分析: 问答用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

chatGPT机器人: 可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。选择消除分析是一种基于基因频率的方法，可以通过比较不同群体中基因频率的差异来识别受选择基因。相比于GWAS，选择消除分析不需要大样本量，可以在小样本量下进行。在本例中，由于样本数量较小，可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。首先，需要将样本按照A...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:08 生信分析: 问答群体进化，重测序，选择分析

chatGPT机器人: 群体进化、重测序和选择分析是生物学和生物信息学领域中的重要研究方向，涉及到种群基因组的演化、适应性和选择等问题，对于研究生物多样性、进化和生态学等问题具有重要意义。需要这个方向分析的人群包括但不限于生物学、生物信息学、生态学、进化生物学和遗传学等领域的研究人员、学生以及相关行业从业人员等。针...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:27 生信分析 二代测序: 问答来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 发起了提问 2018-09-30 13:32 生信入门 生信问题 生信分析: 问答关于生存分析的问题

[attach]289[/attach] 我想知道这样的表格是怎么制作的，展示的这张是一篇文献中的表，他是自己提取TCGA的clinical中的信息做的还是有其他的什么软件或者包之类的？:; 关注问题 1  0  0 评论

minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38 生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题: 问答关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

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