孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:11

生信问题

问答 RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？

孟浩巍: 因为测序的时候是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上，所以在正常mapping回去的时候也应该是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上。   但是如果是circRNA被测序到，这个测序就会出问题，就会出现本来应该出现两种朝向完全相反的情况，当出现这种情况的时候，就是你要的cir...

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海王坑 回复了问题 2018-09-05 10:55

生信入门

问答 【求助】差异表达和特异表达

海王坑: 这个公式文章的链接能不能发一个 我觉得可以同时用这两种方法分析，相互验证或者取个交集，再下结论是这些基因导致品系差别

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 09:19

#单细胞测序QC

问答 如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

孟浩巍: 是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。 你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。 我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。   另外，单细胞现在有各种完整的...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:21

生信分析

问答 关于RSEM和RPKM

孟浩巍: 癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。   个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。   我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:54

htseq

问答 HTseq gtf文件的选择

孟浩巍: 请参考我之前的回答： [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/36065699[/url]

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minipeach 回复了问题 2018-09-03 14:05

生物信息学

问答 想要提取指定基因的行信息

minipeach: name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do         grep  $dd 5406.txt >> result1.txt done   这是我提取信息的脚本，其中name_deal.tx...

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minus_yao 回复了问题 2018-09-03 10:10

比对统计 sam文件 hisat2 转录组比对

问答 reads比对的统计

minus_yao: 可以用RseQC 软件中的脚本，是一个python包，有geneBody_coverage2.py, read_distribution.py, RPKM_saturation.py进行测序结果统计分析  

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:52

生信入门

问答 【求助】如何确定时期特定表达基因

孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list；   2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。   3. 还可以做个pca，然后看pca...

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-01 16:27

生信入门

问答 安装anaconda时conda命令无法起作用

Kevin_Lyu: 在运行结束后你有再次输入source ~/.bashrc吗？如果没有，输入运行之后在看看conda能不能使用，如果运行了可能是你环境变量没有添加成功，需要添加conda到环境变量中

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qliu 回复了问题 2018-08-30 17:41

生信问题

问答 pheatmap画图的数据导入问题

qliu: 你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 16:13

甲基化预测

问答 【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。 人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。 你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。   至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-08-27 21:59

blast

问答 求教一个blastn的问题

Kevin_Lyu: 这里的关于输出内容的截图的信息不完整呀，看已经截取的信息里面，norovirus所在的位置是subject_id的位置呀，往右边拉应该是可以看到identity的呀

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pagu 回复了问题 2018-08-27 21:51

linux网络配置 linux Rstudio搭建

问答 Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？

pagu: 提问的时候参考坑主的“提问正确姿势”，群公告里边应该是有的~   这个问题需要先说清楚是什么平台，什么系统，虚拟机还是直接硬盘安装的，然后才好进行后续的回复；   自己查错的话，首先得确认下自己是否能连外网，ping一下baidu试试看； 确认ok的话，考虑更换下载的源，比如你这上边下载Anacon...

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minipeach 回复了问题 2018-08-27 18:27

SPSS

问答 求SPSS好的教材

minipeach: 链接:https://pan.baidu.com/s/1Qk4aSzsU5m-9bkxpKwLHyA 密码:500r

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jailyn 回复了问题 2018-08-27 16:58

Google

问答 mac如何打开Google的网页？

jailyn: http://ac.scmor.com，这个可以

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