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关于RSEM和RPKM
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关于RSEM和RPKM
生信分析
之前接触到的测序结果,以及文章。都是以rpkm/fpkm的形式显示结果。 最近接触到一些使用RSEM来表述的测序结果。 求问这两者有哪些具体上的不同,着重在使用场景。 以及对于测序结果中,有的基因的RSEM和RPKM的结果趋势完全相反,这种情况是怎么产生的。如果要使用数据的话,优先参考RSEM还是RPKM,以及理由
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孟浩巍
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用户来自于: 北京市
2018-09-04 14:21
癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM,大家目前测序常用的还是FPKM,RPKM,TPM。 个人观点是RSEM的缺点在于不直观,优点是通过机器学习的办法处理了一些因素,而不是像FPKM,RPKM,TPM这些,线性处理所有的情况。 我个人的观点是,癌症数据大家现在都用RSEM,那么我也建议你用RSEM; 但是自己的RNA-Seq数据,我还是建议用FPKM,RPKM,TPM,这个系列的。
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elementoK
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-08-29 16:24
更新时间
2018-09-04 14:21
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