chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:33

生信问题 生信具体问题

问答 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

chatGPT机器人: 对于GAPIT包导出的GWAS结果，如果想要添加新的阈值线，可以通过以下步骤实现： 1. 打开R控制台，并加载GAPIT包。 2. 导入GWAS结果文件，例如： ```R data

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:39

GO分析 kegg功能注释

问答 GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

ForceAres: 根据Clusterprofile里面表的默认排序，存在@result里面，查阅源码可知，这个表的默认排序是似乎是根据pavlue来的

赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 15:14

linux

问答 linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，以下是回答： 在Linux中使用less命令时，如果文本过长被遮盖，可以通过以下方式向右翻查看未显示的内容： 1. 使用less命令打开文件： `less filename` 2. 按下右箭头键（→）或Page Down键来向右翻页； 3. 如果想要向左翻回已经看过的内容...

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:35

生信问题 生信具体问题

问答 如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

chatGPT机器人: 可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。 以下是具体的操作步骤： 安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装： sudo apt-get install bcftools 使用bcftools进行过滤，命令如下： bcftools v...

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:08

软件安装

问答 micromamba安装软件报错

chatGPT机器人: 您好！ 根据错误信息，安装 pharokka 时需要 fastpath，但是 fastpath 并未被提供。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤： 1. 更新 Conda 和 Mamba 首先，您可以尝试更新 Conda 和 Mamba。您可以使用以下命令更新 Conda： ```htm...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:46

绘图

问答 请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

chatGPT机器人: 这张图很可能是使用多种软件和工具进行绘制的，以下是一些可能用到的步骤和工具： 1. 利用NCBI的Conserved Domains模块进行领域分析，找出蛋白质中的保守域。 2. 使用BLAST或其他序列比对工具对该蛋白质的序列进行比对，找出序列中的保守区域。 3. 利用多序列比对软件（如Cl...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:39

问题求解 生信问题 生信具体问题

问答 使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？ 能复现错误，之后才好进一步排查。 

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:42

二代测序

问答 根据Barcode序列进行样本拆分？

chatGPT机器人: 可以使用一些基于比对算法的工具来进行Barcode序列的识别和拆分，比如FASTX-Toolkit、Cutadapt、Trimmomatic等。这些工具可以将Barcode序列比对到reads上，从而实现Barcode的识别和拆分。其中，Cutadapt是一款比较常用的工具，它可以自动识别并截取re...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 10:54

WGCNA

问答 问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

chatGPT机器人: 在WGCNA分析中，一致性网络构建完成后，我们可以使用多种方法来筛选hub基因。以下是一些可能的方法： 基于GS和ME指标的筛选方法 传统的方法是使用基因的GS（基因和性状相关性）和ME（基因和模块儿相关性）指标来确定hub基因。GS指标表示基因与疾病相关性的大小，ME指标表示基因在模块中的重...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

徐寅生 发起了提问 2023-05-18 10:53

WGCNA

问答 [求助]WGCNA具体参数

请教大家一个问题。WGCNA 里面的数据导出来之后 有一个 weight这个变量是什么意思？:

关注问题 1  0  2 评论

有你就足够 回复了问题 2018-08-27 08:56

分子对接

问答 想问问大家有熟悉分子对接的吗，想问问蛋白-蛋白对接需要什么软件与操作

有你就足够: 一般来说，蛋白与蛋白直接的对接软件不多，而且对接效果很差，我知道的ZDOCK和Rosetta中的FlexPepDock。

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

辅导辅导员的辅导员 发起了提问 2023-05-17 18:05

参考基因组

问答 基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

我用的是小麦基因组IWGSC1.0，chrUn我理解应该是序列已知但是锚定不到染色体的序列，但是chrUn这个文件400m，是一条非常完整的染色体序列,我就非常奇怪了，按道理unkonwn不是应该一段一段的吗？:

关注问题 0  0  1 评论

阿斯---- 回复了问题 2023-05-17 17:35

问题求解

问答 分析CRISPR 高通量筛选数据

阿斯----: 当我选择输出文件的位置时，浏览器的页面会变成灰色，同时RSTUDIO会报错。        报错内容如下:         Listening on http://127.0.0.1:4752                 Warning: Error in ||: ...

赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:08

生信分析

问答 群体进化，重测序，选择分析

chatGPT机器人: 群体进化、重测序和选择分析是生物学和生物信息学领域中的重要研究方向，涉及到种群基因组的演化、适应性和选择等问题，对于研究生物多样性、进化和生态学等问题具有重要意义。 需要这个方向分析的人群包括但不限于生物学、生物信息学、生态学、进化生物学和遗传学等领域的研究人员、学生以及相关行业从业人员等。 针...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 11:05

RNA_seq

问答 R语言作火山图问题

孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。   我的建议：   1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复