【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2390: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 2172 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2450 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1225 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？: 957 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

有台Dell工作站，如何配置成服务器: 1484 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

如何批量下载SRA数据库中的数据？: 1904 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容: 1735 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 1819 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1800 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 1740 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 1971 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问【求助】如何确定时期特定表达基因: 1247 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 1228 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 1953 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除数据中特异值的方法: 1746 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 2635 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 1455 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】差异表达和特异表达: 1731 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）: 2279 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 1782 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025