【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2675: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 2153 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA: 1527 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2765 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 1912 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 1882 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？: 1534 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 1983 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

bivalent domains 如何计算: 2283 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 1603 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 2100 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】差异表达和特异表达: 1916 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问网页database: 1357 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1485 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 2371 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2124 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1025 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 2192 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1589 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】如何确定时期特定表达基因: 1385 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025